W pewnej grupie populacji Helicobacter pylori może jednak odpowiadać za zapalenie żołądka, wrzody trawienne żołądka i dwunastnicy a także za raka żołądka i chłoniaka typu MALT.
Autorzy „Epidemiology of Helicobacter pylori” podają, że 89% przypadków raka żołądka jest spowodowanych właśnie zakażeniem tą bakterią.
Okazuje się, że bakteria może mieć również wpływ na występowanie wielu innych chorób spoza przewodu pokarmowego jak choroby sercowo-naczyniowe, choroba Alzheimera, choroby autoimmunologiczne i choroby nowotworowe. Zakażenie może również powodować niedokrwistość z niedoboru żelaza, samoistną małopłytkowość i niedobor witaminy B12.
